رتكز الهيكل التنظيمي للويبو على ثمانية قطاعات، يرأس كل منها نائب للمدير العام أو مساعد للمدير العام، تحت التوجيه الشامل للمدير العام.

ويتألف كل قطاع من عدة وحدات يترأسها المديرون وتسمى عادة شعباً أو إدارات. وهي مسؤولة .عن تنفيذ البرامج والأنشطة التي تقرّها الدول الأعضاء في برنامج العمل والميزانية.